A temperatura ambient, el pentaeritritol apareix normalment com una pols cristal·lina blanca; és altament estable i no pateix fàcilment canvis químics significatius en condicions normals. S'ha d'emmagatzemar en un magatzem sec, fresc i ben ventilat, lluny de l'exposició prolongada a altes temperatures i la llum solar directa. Com que el pentaeritritol és una mica higroscòpic, l'entorn d'emmagatzematge no ha de ser massa humit; El contacte amb la humitat atmosfèrica s'ha de minimitzar per evitar l'aglomeració causada per la humitat, que podria afectar el seu ús posterior.
S'han d'utilitzar embalatges amb bones propietats de segellat durant l'emmagatzematge i s'ha de mantenir la integritat de l'embalatge. Per als productes envasats, s'han de seleccionar materials d'embalatge resistents a la humitat; si l'embalatge està danyat, s'ha de substituir o segellar immediatament. Els diferents lots s'han de classificar i etiquetar clarament, i el producte no s'ha d'emmagatzemar al costat de productes químics incompatibles. El magatzem s'ha de mantenir net per evitar que la pols o les impureses contaminin el producte i en comprometin la puresa.
El pentaeritritol es transporta generalment en bosses, bidons o altres embalatges adequats per a pols sòlides, amb el mètode específic determinat per les especificacions del producte i la distància de transport. S'ha de tenir cura durant la càrrega i descàrrega per evitar danyar l'embalatge o provocar una excés de pols. Els vehicles de transport o contenidors han d'estar secs, nets i impermeables; S'ha d'evitar l'exposició a l'aigua o la llum solar prolongada a alta temperatura durant el trànsit. Per al transport a llarga distància, s'han de comprovar els segells de l'embalatge per evitar l'absorció d'humitat o la contaminació.
Durant l'emmagatzematge i el transport, l'etiquetatge del producte, el manteniment de registres de lots i la gestió d'inventaris han de complir les normes de gestió de productes químics. Tot i que el pentaeritritol és estable en condicions normals, s'ha d'evitar el contacte amb substàncies incompatibles, com ara agents oxidants forts. Les operacions han d'adherir-se a la fitxa de dades de seguretat (SDS) del producte específic i a les directrius d'emmagatzematge i transport del proveïdor, alhora que compleixen les normatives locals per garantir la qualitat i la seguretat del producte durant tot el procés.